離子色譜柱的流動相，在進行樣品檢測前，至少使用20倍柱體積流動相使色譜柱充分平衡。流動相一定要使用色譜級別的溶劑。如使用水相的緩沖液應當天配制以保持新鮮避免細菌產生。流動相使用前需用微孔濾膜過濾,消除流動相中顆粒對色譜系統和色譜柱的損壞。緩沖液與其他流動相混合后應重新過濾避免溶解度變化造成產生新的沉淀。不應使用純水作為流動相沖洗C18色譜柱，以免柱性能損壞（添加5%的有機溶劑沖洗色譜柱，同時可以達到對緩沖鹽清洗的作用。還可以使色譜柱更容易平衡）。
離子色譜柱的樣品制備，樣品應當盡可能溶解在能與流動相相互溶的溶劑中。除特殊指明外，如使用強溶劑溶解樣品柱子的分辨率將可能降低。樣品溶液在進樣前應使用針頭式過濾器對樣品預先過濾。頻繁改變流動相組成，會加速降低柱效。離子色譜柱由高壓勻漿法裝填，能承受較高壓力。為獲得分離效果，使用時請不要超過200kgf，而且避免壓力突然上升或變化，否則會造成硅膠填料的破壞，減少色譜柱的使用壽命。除特殊要求外操作溫度不要超過60℃。
離子色譜柱的保存操作，如果流動相含有酸或無機鹽，應當先用去離子水沖洗干凈。然后用用100%乙腈或甲醇保存色譜柱。后用柱子的接頭密封，并放在穩定的環境中存放。應避免色譜柱受到直接的機械沖擊或摔落，避免造成色譜柱性能的降低。
離子色譜柱的安裝，首先應確認柱和儀器的接頭以及管路是否匹配。為減少死體積，進樣閥、柱子、檢測器之間的連接管路內徑盡可能使用內徑較小的管線，同時控制進樣器、色譜柱和檢測器之間連接管線的長度。為了使色譜柱與儀器系統達的連接效果，應盡量使用與色譜柱接口相匹配的螺帽和錐形接頭，如原來的接頭長期匹配其他類型的色譜柱，建議在連接新色譜柱前應檢查匹配情況，避免造成色譜柱的損壞或因色譜柱不匹配造成的漏液。
